目前，园区拥有多个专业实验室：

生产过程智能调度与优化实验室

“清华科技园——斯莱克精密模具及机械设备工程中心”

“RFID（射频识别）技术应用研究开发平台”

“清华科技园——维世迅机器视觉工程技术中心”

“清华科技园——瑞博核酸技术应用实验室”

“现代大型专备制造研究与开发平台”

生产过程智能调度与优化实验室
      该实验室所研究的电子行业生产过程集成化智能优化调度系统相关技术是促进江苏省电子行业实现跨越式发展的共性技术和关键技术之一。
      实验室所研发的主导产品均为智能优化与控制高技术产品，被列入国家高新技术重点产品目录，功能强，技术先进，具有行业通用性强、便于定制扩展，应用范围广，竞争力强的特点，广泛应用于汽车、纺织、机械、电子、钢铁、建筑等领域。

“清华科技园——斯莱克精密模具及机械设备工程中心”
      清华科技园昆山先进制造创新中心从昆山模具制造业的发展现状出发，利用清华大学的先进技术，综合了具有国际先进水平的照相式三维扫描技术，三维CAD建模技术，三维机加工技术，建设了一个集模具设计开发、产品模具三维检测和样品试制为一体的“大型模具设计与检测实验室”。实验室面向汽车、电子、大型机械零部件等大型模具快速检测的实际需求，通过与清华大学机械工程系以及昆山骨干模具企业的合作，瞄准国际先进水平，从事零件非接触高精度快速三维摄影测量系统的开发与研究。
      在该实验室的基础设施与人才条件上，与苏州斯莱克精密模具设备有限公司正在合作建设了“清华科技园——斯莱克精密模具及机械设备工程中心”。该项目建成一批模具分析及机械装备研发模拟、测量检验等领域的开放式公共实验室，拓展与完善昆山先进制造创新中心的企业服务平台功能，帮助昆山模具企业完成模具设计、检测、验证等工作，提供相关的技术、管理服务。从而提高模具企业的技术创新能力。

“RFID（射频识别）技术应用研究开发平台”
      “RFID（射频识别）技术应用研究开发平台是根据先进制造业和现代物流业的发展趋势，结合昆山以及江苏的产业实际，瞄准当前国际信息技术应用热点——射频识别（RFID）技术，通过建立RFID物流管理示范系统，与昆山骨干物流企业合作开发基于RFID的物流管理系统（含软硬件），将RFID技术迅速应用于昆山物流企业，实现昆山物流业的技术升级。该平台也为昆山及江苏地区企业提供RFID技术应用方面的技术咨询，方案设计，相关技术开发等方面的服务。
      目前，依托 “RFID技术应用开发平台”的基础设施与人才条件，“中心”促成清华大学经济管理学院物流研究课题中“RFID技术” 物流应用的研究成果在昆山转化，与昆山物流骨干企——飞力物流正在合作开发具体的解决方案。

“清华科技园——维世迅机器视觉工程技术中心”
      清华科技园昆山先进制造创新中心与苏州维世迅机器视觉有限公司正在合作共建“清华科技园——维视讯机器视觉工程技术中心”以维世迅公司在机器视觉领域的领先技术，依托“中心”的基础设施与人才条件，为江苏省制造业提供先进的机器视觉检测实验平台和系统，拓展“中心”的“机器视觉”企业服务平台功能。

“清华科技园——瑞博核酸技术应用实验室”
      苏州瑞博生物技术有限公司合作共建的“清华科技园——瑞博核酸应用技术实验室”，以其在国内小干扰核酸技术（siRNA）领域最高级人才组建的研究团队以及领先技术，依托清华科技园昆山先进制造创新中心的“科技成果转化平台”共同进行小干扰核酸技术领域的研发与成果转化，为江苏省的中小企业提供生物医药技术方面的技术与人才支持。目前，该实验室已经推进到建设方案设计的阶段，实验室建成后“中心”将具备在生物应用技术方面的公共服务平台功能，完善与拓展企业服务平台的能力。

“现代大型专备制造研究与开发平台”
      目前“中心”正在与清华大学机械工程系开展进一步的合作，设立 “现代大型装备制造研究与开发平台”，建设专业实验室，积极促成清华大学的十一项重大产业化项目之一——“现代大型装备制造项目”落户昆山。